Действие происходит в Японии будущего. Мир фильма заметно отличается от реального — в нём продолжает существовать Советский Союз — милитаризованная социалистическая империя, с партией и активно работающим против других государств КГБ. Существует большое количество террористических группировок, охотящихся за военными технологиями и оружием массового поражения. КГБ СССР тоже использует в своих целях террористов. В боевых действиях используются «армслэйвы» (АС) — человекоподобные роботы, управляемые человеком-пилотом. Технологии, использованные в новейших военных разработках (так называемые «чёрные технологии»), получены человечеством от немногих избранных, в чьей памяти они присутствуют изначально, от рождения. Сами избранные, как правило, не подозревают о том, что они носят в себе. За избранными идёт охота — их пытаются захватить террористы и КГБ.
Всемирная негосударственная организация «Мифрил» борется с терроризмом и, помимо этого, старается по возможности охранять носителей «чёрных технологий», не допуская попадания их в руки террористов. Сам «Мифрил» активно использует «чёрные технологии» — он располагает АС, превосходящими советские разработки, его боевые машины и транспорты оснащены системой невидимости. Одно из боевых подразделений «Мифрила» — подводная лодка «Туата Де Данаан», под командованием капитана Терезы Тестароссы — шестнадцатилетней девушки, одной из избранных, которая сама спроектировала этот корабль и руководила его постройкой.
Трём бойцам «Мифрила» — старшему сержанту Мелиссе Мао, сержанту Курту Веберу и сержанту Сагаре Соусуке приказывают охранять одну из избранных — школьницу Канамэ Тидори. Сагара внедряется в школу под видом школьника, чтобы непосредственно охранять девушку, а Мао и Вебер обеспечивают поддержку. Работа Сагары оказывается сложной: он должен постоянно быть начеку, при этом ему нельзя раскрываться перед девушкой, которая не подозревает о своих способностях и грозящей ей опасности. Проблемы создаёт и то, что Сагара, с детских лет знавший только войну и никогда не учившийся в обычной школе, не знает, как правильно вести себя в такой обстановке. Он постоянно совершает неуместные поступки и навлекает на себя гнев учителей, одноклассников и самой Канамэ. Лишь в критических ситуациях Сагара может проявить себя, и тут он, как правило, оказывается на высоте.
